La moyenne montagne et la haute montagne (au-dessus de 1500 m, étages subalpin et alpin) présentent des conditions climatiques très rigoureuses, limitant le nombre d’espèces et favorisant leur spécialisation : à l’étage alpin, enneigé 7 mois sur 12 environ, les organismes ont une période de vie active extrêmement brève, pratiquement limitée aux mois d’été. Le taux d’endémisme y est remarquablement élevé, et la région Midi-Pyrénées détient une forte responsabilité conservatoire vis-à-vis de nombreuses plantes et animaux qu’on ne rencontre que dans les Pyrénées. C’est le cas des trois espèces de Lézards des Pyrénées (seuls reptiles d’Europe strictement montagnards) et de bien d’autres. Le massif pyrénéen, resté plus sauvage que d’autres massifs d’Europe, héberge par ailleurs une grande faune souvent disparue ailleurs : Ours brun, Gypaète barbu…